Patrick Marguerat a étudié le hautbois successivement à Lausanne avec Markus Häberling, à Berne avec Hans Elhorst et à Genève avec Bernard Schenkel, où il obtient un premier Prix de Virtuosité en 1989.
Il a également suivi des cours de perfectionnement auprès de Jost Michaels et de Maurice Bourgue, ainsi qu'une formation postgrade sur le hautbois baroque dans la classe de Nils Ferber, à Genève.
Depuis 1993, il fait partie de l’Orchestre de Chambre de Genève. En outre, il consacre une part importante de son activité à
l’enseignement de son instrument dans les conservatoires de Sion et de Lausanne.