Magali Bourquin commence ses études musicales au Conservatoire de Berne, chez Madame Agathe Jaggi. Après l’obtention de sa maturité en section classique, elle entre au Conservatoire de Lausanne dans la classe de Christian Favre, où elle décroche respectivement un diplôme d’enseignement ainsi qu'un premier prix de virtuosité en piano et en musique de chambre.
Elle se perfectionne ensuite avec des maîtres tels que Karl Engel, Alexis Weissenberg, Arpad Gerecz, Pavel Gililov, Boris Kushnir et le violoniste Pierre Amoyal.
Passionnée par le répertoire violon-piano, elle collabore avec plusieurs interprètes, notamment le violoniste français Michael Zuber, avec qui elle a enregistré deux disques, le talentueux violoniste Félix Froschhammer, ainsi que le violoncelliste Nico Prinz, avec lesquels elle joue également en formation trio. Leurs récitals les mènent à Vienne, Bayreuth, Strasbourg, Munich, Florence, etc.
Depuis 1994, Magali Bourquin enseigne au Conservatoire de Lausanne.